Miestas ir aplink jį esančios apylinkės, kaip valstybės centras, pradėjo formuotis 13 a. Kaip teigia metraščiai, Lietuvos didysis kunigaikštis Gediminas po geros medžioklės aptiko gražių vietų netoli nuo tuometinės sostinės Kernavės ir nutarė čia pastatyti pilį. Taip atsirado nauja sosto pilis - Senieji Trakai, tuo metu vadinti Trakais. Pirmą kartą Trakai vokiečių metraščiuose paminėti 1337 m., tai ir laikoma oficialia miesto įkūrimo data. Kai kunigaikštis Gediminas galutinai įsikūrė Vilniuje, Senieji Trakai atiteko jo sūnui kunigaikščiui Kęstučiui. Čia 1350 m. gimė ir žymiausias Lietuvos valdovų - Vytautas Didysis.